Pierwsze wzmianki o mieście (pod nazwą Andukan) pochodzą z IX wieku. W XV wieku Andiżan stał się głównym miastem w Kotlinie Fergańskiej i był ważnym przystankiem na jedwabnym szlaku, położonym w połowie drogi między Kaszgarem a Chodżentem. Miasto znane jest także jako miejsce urodzin Babura, założyciela indyjskiej dynastii Wielkich Mogołów[2].
W XVIII wieku Andiżan został włączony do chanatu kokandzkiego. W 1876 roku miasto zostało zajęte przez Rosję podczas kampanii wojskowej, która miała na celu stłumienie powstania przeciw sprzyjającemu Rosji chanowi Kokandu. Miasto znalazło się wówczas w obwodzie fergańskim. W 1898 roku wybuchło kolejne powstanie, tym razem przeciwko Rosjanom, szybko jednak zostało przez nich stłumione. W 1902 roku Andiżan został zniszczony przez silne trzęsienie ziemi[3].
W maju 2005 roku doszło do gwałtownych protestów przeciwko polityce prezydenta i rządu uzbeckiego, a w efekcie do masakry.