Podział ten został dokonany jedynie na podstawie porównania sekwencji rRNA, ale następnie znaleziono liczne fakty pasujące do niego. Z punktu widzenia biochemii i fizjologii komórek archeony są bardzo odmienne od bakterii właściwych, niektóre cechy zbliżają je do jądrowców.
Istnieje też alternatywny podział na dwa cesarstwa (Prokaryota [Bacteria] i Eukaryota) z sześcioma królestwami, zaproponowany przez Thomasa Cavaliera-Smitha w 2004[3].
Nie jest on jednak zbyt popularny, głównie ze względu na brak pewności co do pokrewieństw między grupami eukariontów.
Amerykańska systematyk Lynn Margulis jest zdania, że rozdzielanie prokariontów na dwa taksony wysokiej rangi nie jest wystarczająco uzasadnione, bo mimo znaczących różnic biochemicznych są one jednak znacznie bardziej podobne do siebie niż do organizmów jądrowych. Wynika to z uznania planu budowy komórki za istotniejszą cechę systematyczną niż cechy biochemiczne – szczególnie że cechy biochemiczne mogą być „wymieniane” między nawet odlegle spokrewnionymi organizmami poprzez poziomy transfer genów.